La Chiesetta di Santa Maria Annunziata - meglio nota come “Chiesa della Madonnetta” - viene eretta nel 1585 dalla Confraternita della "Compagnia dei Battuti" che sin dal 1260 aveva occupato quel sito, dirigendo inizialmente, per conto della Magnifica Comunità di Este, un ospedale con la "ruota per gli esposti".
Nel 1845 Giuseppe Riccoboni (1820-1894), prolifico architetto autodidatta estense, lavora al recupero della facciata ridisegnandola completamente e donandole l'aspetto ancora oggi visibile.
Dapprima utilizzata come centro parrocchiale collegato al vicino Cine-Teatro Famiglia, durante la seconda guerra la chiesa è sconsacrata e usata come magazzino e deposito, subendo il crollo della copertura e un lungo periodo di totale abbandono, fino al 1967 quando all'interno - oramai vuoto - viene eretta un'approssimativa struttura lignea coperta con lastre di cemento.
Il recente restauro ultimato nel 2015 ha previsto il consolidamento delle murature, il restauro degli elementi architettonici e decorativi in pietra di Vicenza e trachite euganea ed il rifacimento degli intonaci sulla base delle esigue tracce trovate dell’intonaco in marmorino Cinquecentesco originale.