Das Klosterkomplex des Monte Venda hat sehr alte Ursprünge, die mit der Anwesenheit von Eremiten verbunden sind, die den höchsten Gipfel der Colli Euganei als Ort der spirituellen Rückkehr wählten. Ein Testament von 1197 bezeugt bereits die Existenz einer religiösen Ansiedlung, während der erste bekannte Eremit, Adam von Torreglia, bis 1160 in der Gipfelhöhle lebte.
Im Jahr 1209 begann Stefano, ehemaliger Prior von Santa Giustina, zusammen mit Bruder Alberico mit dem Bau von zwei kleinen Kirchen, die dem Heiligen Michael und dem Heiligen Johannes dem Täufer gewidmet waren. Ab 1229 verwandelte sich die Eremitage in ein echtes Benediktinerkloster, unterstützt durch Spenden lokaler Adelsfamilien, darunter die Maltraversi und die Carraresi. Die wachsende Bedeutung des Ortes führte zum Bau einer größeren Kirche, die dem Heiligen Johannes dem Täufer gewidmet war.
Im Jahr 1380 wurde das Kloster der Kongregation der Olivetaner anvertraut, einem Benediktinerorden, der für seine künstlerische Produktion und die architektonische Pflege seiner Ansiedlungen bekannt ist. Der Komplex umfasste eine einschiffige Kirche mit Glockenturm, einem Holzchor, einem Presbyterium aus Trachyt und einer Krypta, die der Jungfrau Maria gewidmet war, sowie Klöster, Zellen, Lagerhäuser und Gärten, und stellte sich als eine komplexe und autonome monastische Struktur dar.
Das Kloster bewahrte seine Vitalität bis 1771, als die Republik Venedig seine Aufhebung beschloss. Die Mönche wurden versetzt und die Besitztümer an die Familie Erizzo verkauft. Seitdem verfiel der Komplex allmählich und wurde nur gelegentlich als pastoraler Zufluchtsort genutzt, bis er endgültig verfiel.