Das Civico Museum der verschwundenen Dörfer von Villa Estense, das im ersten Stock des Palazzo Valentinelli untergebracht ist, erzählt die Geschichte der mittlerweile verschwundenen hochmittelalterlichen Zentren der Bassa Padovana. Das Museum umfasst einen großen Ausstellungsraum, der in vier Themenbereiche unterteilt ist, einen Konferenzraum und einen Studieraum mit historischem Archiv. Der erste Bereich führt in das Gebiet vom späten römischen Zeitraum bis zur Hochmittelzeit, als silvo-pastorale Siedlungen und der Rückgang der Wasserwege eine demografische und ökologische Rückentwicklung kennzeichneten, bis zur Wiedergeburt zwischen dem 10. und 11. Jahrhundert mit der Entstehung der ersten Dörfer von an die Kirchen angelehnter Hütten.
Es werden Dörfer wie Ancarano und Finale (Villa Estense), Vescoana (Granze) und das Castelaro (Merlara) dargestellt. Vitrinen und Modelle rekonstruieren die Siedlungen, während Karten und Pläne Seen, Gewässer, Verkehrswege und römische Zenturierungen hervorheben. Ausgestellt sind Funde vom paläovenetischen Zeitalter bis zum Mittelalter: keramische Erzeugnisse aus grobem und gekämmtem Ton, Mörser, Fragmente von Hirschgeweihen, Fibeln aus Bronze, kleine Krüge und Glocken für Schafe.
Das Museum dokumentiert auch die Entwicklung der Dörfer: die Ansiedlung von Ancarano, erwähnt 1077 von Heinrich IV., die von den Überschwemmungen des 15. Jahrhunderts verwüstet wurde, und Vescoana, mit Spuren von maiolika-Keramik des 14. bis 15. Jahrhunderts. Der Sasso Castelaro zeugt von spät-römischen und mittelalterlichen befestigten Siedlungen. Der letzte Bereich präsentiert graffitierte Keramiken und Renaissance-Porzellan, die mit dekorativen Techniken aus Kupfer und Eisen verziert sind. Das Museum, das aus der Gruppe Bassa Padovana hervorgegangen ist, bietet einen didaktischen und multimedialen Rundgang, der die Geschichte, Archäologie und das Alltagsleben der mittlerweile verschwundenen Dörfer erzählt.