Al termine di un asse molto importante per la Città, con un posizionamento studiato: la chiesa e il convento degli Zoccoli si collocano al termine sud, fuori porta, della via che attraversa il centro entro il Bisatto, lambisce il Duomo e si specchia, ai piedi della Collina, con l'Arco del Falconetto.
Il chiostro, utilizzato per secoli come ospedale, è un perfetto esempio di architettura rinascimentale che mantiene intatto il suo fascino nel tempo e con i nuovi utenti, anche grazie ad un bel progetto di rifunzionalizzazione, discreto e completo.
Anche oggi, che le funzioni ospedaliere sono trasferite e l'ex-convento è tornato ad essere staccato dal resto, gli edifici dell'isolato del Convento degli Zoccoli sono specialistici e diversamente organizzati rispetto alla viabilità:non sono completamente lungo strada ma riempiono il grande brolo sopravvissuto sino a circa 100 anni fa.
Ai primi del XX secolo Este si è ingrandita negli isolati a sud del Bisatto, fino a costruire lungo Via Consolazioni , che costeggia la chiesa, mentre rimane intatto il grande Brolo e i campi a sud, in cui rimane immerso l'antico convento.
Un'ampio compendio coltivato a sud completa storicamente il convento, assicurandone l'autosufficienza sin dalle origini, una sorta di ''tenuta'' fuori città per i Francescani Minori. Di fatto è proprio il lotto non edificato a motivare l'acquisto al patrmonio pubblico del complesso, in cui venne localizzato l'ospedale, oggi sede di ambulatori.
All'inizio del XVI secolo la Magnifica Comunità chiede alla Curia la costruzione del convento-ospedale gestito dai Francescani minori. Nel 1769 il Senato Veneto stabilì la soppressione di 16 conventi, tra cui anche questo, per cui la Magnifica Comunità, che ancora reggeva Este, deliberò il suo acquisto destinandolo al nuovo ospedale.
A inizio '800 l'ospedale ricavato nel convento, dispone di una cinquantina di posti letto mentre le altre parti danno alloggio a truppe militari. Il grande terreno a frutteti e seminativi, senza cinta e alle porte della città è una ricchezza che nel tempo viene messa a frutto per realizzare un ospedale moderno ampliando quello esistente sin dal 1500 nel chiostro.
Il senso di equilibrio classico ricercato nel Rinascimento è determinato nel Chiostro con grande semplicità dal ritmo e dalle proporzioni degli archi a tutto sesto al piano terreno e del loggiato con trabeazione al piano superiore.
Una parte importante del fascino del chiostro è portata dalle grandi magnolie che ne ombreggiavano il giardino interno, perfettamente tenuto e isolato dalla città: quasi un archetipo della pace e della serenità della vita conventuale.
Il complesso realizzato all'inizio del 1500 offre una multifunzionalità flessibile per secoli, con un'architettura sobria che mantiene intatta la sua efficacia, come risulta anche dalle recenti destinazioni d'uso. Gli interventi realizzati sono puntuali e leggeri: oltre al restauro e alla pulitura del complesso si è lavorato prevalentemente sulla distribuzione verticale, sui servizi e sulla sistemazione di una serie di arredi fissi. L'organizzazione funzionale del convento, di grande semplicità, consente utilizzi molto diversi con una notevole flessibilità offerta dalle grandi stanze al primo piano e dalla distribuzione esterna al piano terra del chiostro.
