Costruita dal Cardinale Francesco Pisani, Vescovo di Padova all'inizio del 1500, nello stesso periodo in cui il prelato fece progettare al Palladio il Palazzo di Montagnana e il palazzetto di Monselice, che ne fece la sua residenza di dominio della proprietà fondiaria in terra ferma. La Villa rimase di proprietà della famiglia Pisani di Santo Stefano, la stessa che edificò la Villa Pisani di Stra nel 1700, fino al 1900, quando morì l'ultima Contessa Pisani, Evelina van Millingen Pisani. Dopo un breve periodo di proprietà della famiglia Bentivoglio Mocenigo, la dimora passa alla famiglia Bolognesi Scalabrin.
Le sale della Villa sono affrescate dai più importanti pittori dell'epoca come Paolo Veronese, Gianbattista Zelotti e Dario Varotari ed il pittore fiammingo Ludovico Toeput, detto il Pozzoserrato. L'arredamento è originale d'epoca e alcuni stucchi ottocenteschi decorano la sala della musica.
Circonda il Palazzo un vasto e splendido giardino all'italiana, con contaminazioni islamiche, seguito da un grandissimo parco romantico di stile ottocentesco inglese. L'opera si deve alla Contessa Evelina van Millingen Pisani, sposa di Almorò Pisani che nel 1800 decise di sostituire l'agrumeto per farne un Hortus Floridus ricco di ogni sorta di bulbose, di rose antiche e di tantissime specie di alberi , anche non autoctone.
Nel giardino e nel parco trovano posto e si ammirano statue del Besarel, fontane, vasche, una cappella neogotica del Selvatico, il teatro, il pozzo, la ghiacciaia, barchesse e scuderia.
