L'esistenza del Duomo di Este è testimoniata nei documenti del X e XI secolo come Pieve (chiesa battesimale), retta da un Capitolo di canonici con arciprete.
Nel 1117, dopo un terremoto avvenuto il 3 gennaio, l’edificio sacro fu ricostruito da Enrico il Nero, duca di Baviera. Nel corso del Trecento e del Quattrocento l’antica chiesa romanica fu progressivamente ingrandita, fino ad avere, nel 1489, cinque navate.
Il Duomo antico aveva la facciata rivolta ad occidente (attualmente verso via Sabina) e prospettava sulla antichissima piazza medievale di Este, quasi sicuramente di origine romana, sulla quale si affacciavano anche il Palazzo del Comune e la Loggia della Giustizia.
Tra il 1583 e il 1592 l’arciprete Antonio Fracanzani decise l’inversione dell’orientamento della facciata, in quanto la città si stava sviluppando verso l'attuale Piazza Maggiore. I lavori di restauro seguirono il progetto del famoso architetto Vincenzo Scamozzi (1553-1616) che curò l’ordinato sviluppo longitudinale delle tre navate principali, delle tre absidi poste ad occidente, il mantenimento della quarta navatella che si apriva come portico interno sul complesso composto da tre edifici accostati: Battistero romanico, campanile duecentesco e cappella di Santa Tecla, aggiunta nel 1631 come ex voto per la liberazione dalla peste.
Un terremoto avvenuto il 15 aprile 1688 mise in pericolo la statica della costruzione medievale. L’arciprete abate Marco Marchetti (1638-1708) e i canonici del Duomo, d’accordo con la Magnifica Comunità, i Cittadini e i Mercanti di Este, ne decisero la totale ricostruzione.
